최근 몇 년동안 국내 반려동물 문화의 성숙이 급격이 이뤄졌음에도 불구하고 아직까지 동물등록제 이행률을 제고하는데 어려움이 있다. 전국적으로 파악된 통계수치상으로도 잠정적으로는 50%에 미달하는 상황으로 알려졌고, 제주지역 역시 반려견의 동물등록률이 44% 수준에 불과했다. 반려견을 미등록하면 수십만원의 과태료가 부과되지만, 반려동물의 특성상 출생과 사망이 공적 기록에 의해 관리되기 힘든 여건때문에 행정에서도 이를 사전에 철처히 관리하기에도 한계가 있다.

 관리되지 않고 방치되는 도내 유기견 문제를 해결하기 위해서도 동물등록제 등록률을 높여야 한다. 떠돌이 유기견들이 무리지어 인간에게 위협을 가하거나, 도로안전을 해치는 사례가 빈번하고, 도내 유기견 관리시설의 포화와 인력부족으로 인도적 유기견 관리에도 한계에 봉착했다. 심지어 유기된 동물 포획을 위해 119가 출동하는 건수가 하루 4건 이상에 최근 들어 증가하는 추세라고 한다. 유기동물의 안전과 도민들을 보호하기 위해 119의 출동이 필요한 상황이지만 사안의 중대성에 비해 안전인력이 투입되는 상황이 과도하게 많아짐으로써 빚어지는 비효율성에 대한 우려도 크다.