자동차세 연납제도는 매년 6월과 12월에 정기적으로 부과되는 자동차세를 1월에 미리 납부하는 경우 납부 기간 이후의 기간에 해당하는 세액에 대해 자동차세 연 세액의 일부를 공제해 주는 제도다. 1월에 신청하면 4.57%, 3월은 3.75%, 6월은 2.52%, 9월에 신청하는 경우 1.26%로 바뀌었으므로 1월에 자동차세를 연납신청해 납부하는 것이 가장 큰 할인혜택을 받을 수 있음을 알 수 있다.
　
 전년도에 연납 신청하고 납부한 납세자는 별도의 신청없이 주소지로 고지서가 발송되기 때문에 다시 신청할 필요가 없다. 자동차세 연납은 납세자가 자진해서 신고·납부하는 것이므로 자동이체 신청을 했더라도 이체가 되지 않고 납부 기한이 지난 경우에는 별도의 불이익은 없지만 할인된 금액으로는 납부가 불가능하니 반드시 1월 31일까지 납부해야 한다.