국토해양부는 육해공(陸海空) 건설 개발 인허가등 국토 개발의 국가 제1기관이다. 국내에 모든 인허가에 대한 법과 기준을 마련하고 그에 따른 유권해석을 내린다. 인허가와 관련한 행정소송 분쟁을 다룰 때도 국토부가 정한 적용 기준으로 판결한다. 국토해양부의 방침은 모든 국토 개발 기준의 근간이며 국내 모든 인허가에 대한 관리 관청이다. 최종 설계도의 완성은 허가 관청이 허가를 함으로서 공인되기 때문에 국가사업인 제주해군기지건설관련 설계도의 문제의 책임도 최종 허가 관청인 국토 해양부로 귀결 된다.
제주도가 이러한 국토부를 상대로 제주 해군기지(민군복합형 관광미항) 항만 설계가 잘못 됐다며 항만 설계오류 문제를 제기 했다. 15만톤 크루즈 선박이 입․출항을 위한 선회장 길이등 설계 하자를 지적, 정부에 설계 재검토를 요구 했던 것이다. 우도정 출범 이후 해군기지와 관련해 변변하게 내놓을 실적이 없었던 우 도정은 선거 정책 공약인 해군기지 윈윈 전략이라는 어처구니없는 명분도 이에 갖다 붙이고 마치 정부의 커다란 흠결을 잡아 낸듯, 흥분한 우도정의 행보는 앞뒤 가리지 않고 야권 정치권과 도의회, 해군기지 반대 단체들과 함께 하는 모양새로 대(對)정부 투쟁에 나서 듯 했다. 도기획관은 발 빠르게 기술검증을 위한 T/F팀을 구성하고, 정부와의 사업 추진 과정에서도 약간의 이견만 있어도 정부가 잘못하는 것처럼 호도하고, 자신은 잘못된 추진을 강행하려는 정부에 당당히 맞서는 모습으로 정부와의 투쟁에서의 우도정의 대표 투사인 것 마냥, 또한 그것이 도민의 자존심인양 언론 노출을 통해 홍보에 열을 올렸다. 심지어 우도정은 마치 작은 정부가 거대 정부의 뒷덜미를 잡은 개선장군처럼 자만심에 빠져 우려하는 여론과 주위의 충고조차 들으려 하지 않았고, 설계에 문제가 없다는 의견은 도정과 도민 정서에 반하는 것처럼 받아들였다. 도의회 역시 우도정과 맥을 같이하여 해군기지 반정부 정서에 부합하여 발언하는 의원들은 정의감에 튀고, 신중한 시각을 가진 조심스런 의원들은 침묵 할 수밖에 없도록 분위를 조성했다. 
그러나 국회조정으로 전문가 민간 기술검증 기술팀이 구성되고 그 검증위의 검증 결과는 우도정과 도의회의 튀는 일부 의원들의 기대와는 다른 보고서를 내놨다. 설계상의 문제가 없다는 결론이었다. 다만 제주도의 기술 검증위에서 제시해 보고서로 채택된 경미한 건의 사항에 대해 정부가 받아 들여 보완 하는 수준이었고 제주도가 정부를 상대로 한 제주 해군기지(민군복합형 관광미항) 항만 설계상의 오류 논쟁 싸움이 결국 제주도의 패로 끝난 것이다.